« Il se peut bien – et encore, ce serait à examiner – qu’une science naisse d’une autre; mais jamais une science ne peut naître de l’absence d’une autre, ni de l’échec, ni même de l’obstacle rencontré par une autre » (p.140), FOUCAULT, M., Les mots et les choses, Gallimard, 1966.

L’exploration cartographique de la base de données de la Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité ne s’est pas achevée, ni même focalisée, sur la seule géographie des acteurs et des laboratoires. Bien qu’importantes pour leurs enjeux institutionnels et politiques, les cartographies des structures de recherche et de leurs domaines respectifs de compétences comptent moins, pour un néophyte comme moi, que les cartographies des disciplines. Car les cartographies de disciplines ou des « sciences » constituent des instruments privilégiés d’interrogation en épistémologie des sciences, comme celles que produisent aujourd’hui des chercheurs comme Richard Klavans ou Loët Leydesdorff. Elles renseignent, à grande échelle, sur cette « tectonique » des connaissances scientifiques où figurent de grands ensembles connus mais aussi des domaines émergents. Traditionnellement, elles sont calculées à partir de l’analyse de millions de publications indexées dans des bases éditeurs comme le Web of Science ou Scopus, en incluant différents niveaux d’analyse comme celui des revues ou encore des descripteurs de contenus comme les Subject Categories. Méthodologiquement, le travail collaboratif mené avec Cédric Chavériat, Xavier Leroux et Flora Pelegrin sur les disciplines de la biodiversité s’inscrit dans cette tradition de la « cartographie des sciences » et elle s’est accompagnée du même type de questionnement ou d’objectifs : la « recherche sur la biodiversité » constitue-t-elle un espace original et autonome dans le paysage des connaissances ? Cette géographie admet-elle des sous-parties originales et distinctes ? Quels sont les liens qui les unissent ou, à l’inverse, les éléments qui les distinguent ? En somme : est-il envisageable de produire une sorte de « boussole thématique » qui permettrait de naviguer dans l’espace de la recherche sur la biodiversité et d’en apercevoir les grands traits d’un seul coup d’œil ou d’y situer un champ de recherche précis ?

Certes, le rapport sur la base de données contient déjà des éléments significatifs la « recherche en biodiversité » comme l’évolution du nombre de publications référencées dans le Web of Science sous la rubrique « biodiversité » ou encore les estimations réalisés par la fondation sur le temps/chercheurs alloués sur des champs de recherche qui en relèvent.

Cependant, ces éléments ne renseignent pas sur la façon dont les disciplines s’agrègent dans le domaine de la biodiversité, si elles s’associent ou non en ensembles cohérents (pour un spécialiste comme pour un néophyte) ou, même, s’il est simplement possible d’en dessiner une géographie interprétable. En somme, que peut nous apprendre transformation de la liste ou de l’arborescence des disciplines sur la biodiversité en matrice de graphe où les objets sont liés par la dynamique propre des projets labellisés ?

L’objectif, ici, n’a pas été de produire une carte générale des sciences, ni même d’y situer la recherche en biodiversité (ce que l’on peut faire à partir de grandes bases comme le WoS), mais seulement de remonter « en abstraction » (depuis le niveau granulaire des acteurs) vers la façon dont s’agencent les grands continents de la connaissance scientifique et de sa distribution en disciplines à travers notre analyse des projets labellisés par la Fondation. Là aussi, c’est à partir des informations archivées par la Fondation sur les projets que se sont effectués les différents niveaux d’intégration des données accumulées à travers les Appels A Projets (AAP) successifs depuis 2005. En son principe, la méthode paraît simple : les acteurs sont associés à des disciplines dans leur profil de compétences, ces acteurs sont liés entre eux par la participation à des projets communs, ce qui permet, in fine, de comprendre comment 96 disciplines identifiées par la FRB sont liées entre elles à travers plus de 180 projets labellisés et financés auxquels participent près de 1700 chercheurs.

Cette carte qui figure dans le rapport permet de visualiser, sous ses grandes lignes, la distribution des disciplines, regroupées en 9 familles, dont trois sont statistiquement les plus représentées (le « cœur » de la recherche en biodiversité : « Ecologie », « Classes et classifications du vivant », « Biologie cellulaire et moléculaire »). Hormis cet agrégat central de disciplines souvent associées à des chercheurs et de façon simultanée (l’épaisseur des liens entre les nœuds étant pondérés en fonction de degrés de co-occurrences des disciplines), la carte contient quelques éléments curieux pour un néophyte comme la « Cladistique » (ou l’étude de la classification des êtres vivants, selon leurs relations de parenté, dans un cadre évolutionniste) ou encore « Evo-devo » (génétique évolutive du développement) sans oublier la « Mammalogie » (étudier les origines, le comportement, le régime alimentaire, la diversité génétique et la dynamique des populations des mammifères) que je ne connaissais pas.

D’autres vues ont été produites, notamment pour mesurer la richesse des liens qui unissent les disciplines autour des liens intenses qui forment le « cœur » de la recherche sur la biodiversité. Au-delà de l’écologie, de la biologie cellulaire et moléculaire et des classifications du vivant, de nombreuses relations secondaires existent :

La respatialisation des données avec Gephi (forceatlas2) a permis de produire d’autres vues dont une a été retenue pour produire la carte des disciplines dans sa version « poster » imprimable :

Si on l’examine de près, la topologie des disciplines qui se dessine laisse apercevoir combien la « recherche en biodiversité » semble traversée par plusieurs dynamiques transversales et je crois y apercevoir un certain ordre. Par exemple, on peut s’en rendre compte en réduisant la vue et en conservant que les titres des catégories :

Ou encore en colorant les zones de la carte en fonction de la concentration des couleurs dans les nœuds et les liens qui les relient :

Cette vue synthétique tient plus du schéma plus que de la projection de graphe et fournit à mon sens  (à titre d’esquisse de « boussole ») des informations secondaires importantes.  Ici, ce n’est plus seulement un « cœur » dense de trois grands domaines disciplinaires qui est présenté mais quelque-chose comme la topologie (particulière à la biodiversité) des connaissances produites dans un domaine pluridisciplinaire. La bi-partition y est manifeste de gauche à droite, entre la « biologie » (j’aurais tendance à dire « sciences du vivant et de la nature ») et les SHS (au sens large : l’homme et l’univers tels qu’ils sont produits culturellement, historiquement et géographiquement). Si l’on en revient à la carte générale (donc à une structure de graphe qui est fondamentalement affaire de liens) et que l’on s’y promène en partant des deux disciplines les plus éloignées l’une de l’autre sur un plan horizontal (la « Thérapeutique » à gauche, « Langues et Littérature » de l’autre) on peut se rendre compte que le graphe contient comme une déclinaison des disciplines qui, de proche en proche et telles qu’elles sont liées dans des projets effectifs menés par les chercheurs, nous fait passer (et sans hiérarchie puisque les liens sont non dirigés) de l’univers des « corps » biologiques (substrat naturel de la biodiversité) à l’univers abstrait et contingent de la culture et de ses productions (ici, la littérature mais en passant aussi par d’autres productions comme l’agriculture, les sciences de l’ingénieur ou les biotechnologies que l’on peut regrouper sous le label de « services éco-systémiques »). Dans ce type de parcours, de gauche à droite et inversement, l’Ecologie et la Biologie des Populations constituent, non plus un cœur dense, mais des disciplines-pivot.

Mais une autre lecture cardinale est possible, et très complémentaire. Sur le schéma, les deux ensembles majeurs que sont la « Biologie » et les « Sciences de la société » sont reliés via une ligne de fracture dont « l’Ecologie » et la « Biologie des populations » sont encore le pivot : vers le haut, se profilent un ensemble de disciplines qui traitent de « l’environnement » au sens large, tel qu’il est produit, cultivé, exploité (sciences et techniques) ou tel qu’il impose aussi ses contraintes (bioclimatologie). Mais la distribution des disciplines, dans la moitié supérieure de la carte, ne me semble pas aléatoire : de part et d’autre d’une ligne verticale, Ecologie/Botanique/Climatologie, on trouvera (sans surprise) d’un côté les disciplines qui étudient « l’environnement » sous l’angle de la culture (Ecologie urbaine, Aménagement de l’Espace et Urbanisme, Histoire, Sciences politiques…) et, de l’autre côté, les disciplines qui étudient l’environnement sous l’angle de ses rapports au vivant (Ecotoxicologie, Biotechnologie végétale, Endocrinologie et Métabolisme…).

Dans la partie inférieure de la carte, la distribution obéit aux mêmes principes, mais au regard des espèces vivantes qu’il faut décrire, inventorier, analyser en tant que telles mais aussi dans leurs relations réciproques à titre de systèmes (ou « d’écosystèmes »). En bas, à gauche, un ensemble gouverné par la biologie des interactions (Virologie, Parasitologie, Biotechnologies animales…) et, à droite, l’ensemble complémentaire des disciplines qui étudient les espèces vivantes (animales et végétales) sous l’angle de leur production historique (Sciences forestières, Agriculture, Sciences Vétérinaires, Bio-ingénierie…).

L’interprétation que je livre ici souffre évidemment de limites : je ne suis pas un expert du domaine (malgré mon « stage » dans les données de la FRB) et, plus encore, le support numérique comme ici mon blog ne donne qu’un aperçu général de patterns visuels et logiques qui méritent d’être explorés à partir d’un poster affiché sur un mur. De plus, un algorithme comme Forceatlas2 admet des limites malgré sa pertinence en matière de recherche de patterns visuels et statistiques. Cependant, s’il vous prend comme moi d’arpenter le poster imprimé, vous vous apercevrez à quel point la distribution spatiale des disciplines semble gouvernée par un ordre de plus en plus perceptible, au point d’essayer d’en dessiner la logique comme je l’ai fait :

C’est ma « boussole thématique », limitée à ma simple expérience de cartographe et d’analyste des données de la Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité. Elle mériterait d’être testée et discutée et je regrette que les « spécialistes » en Information Scientifique et Technique passent autant de temps à calculer de ridicules indicateurs individuels de « visibilité » à partir des seules publications, dont une partie seulement est indexée, dans un seul catalogue, et sur les seules citations rétrospectives. L’exploration des fonds documentaires et des données archivées dans les organismes de recherche et de formation contiennent pourtant bien des objets plus riches à explorer. Ce premier travail exploratoire laisse apercevoir la diversité et la complémentarité des disciplines scientifiques et des chercheurs engagés aujourd’hui dans la « recherche sur la biodiversité ». Je comprends que la carte que nous avons produite avec Cédric Chavériat apparaisse quelque peu complexe mais, à l’évidence, et au-delà de notre travail, c’est bien la recherche sur la biodiversité elle-même qui apparaît comme riche et complexe. Et cette vaste diffraction des disciplines scientifiques naît d’une lumière unique, celle de la question de la vie :

« La biodiversité est la vie, le public s’en rend compte et attend nos connaissances pour vivre différemment, en harmonie avec la biosphère », Patrick Duncan, Président de la FRB.